所有的2009高雄世運參賽選手與工作人員都必須經過登錄認證的程序。每一國際單項運動總會需於截止日前，透過以線上認證系統登錄每位選手與工作人員。

認證中心將設置在高雄市政府市政大樓一樓大廳，屆時已登錄的參與者與工作人員將取得證明與認證卡，防偽通行證具有特殊的安全特徵，已授權持有者可順利通行特定賽事，並享有特定服務。更完整的認證程序將刊登於2009世運公報之中。